วัตถุดิบที่ใช้ในการผลิตอาหารนั้นส่วนใหญ่เป็นผลิตผลทางการเกษตรและการปศุสัตว์ ซึ่งแน่นอนว่ามีโอกาสในการปนเปื้อนเศษดิน เศษหินต่างๆ แมลงจากธรรมชาติ หรือปนเปื้อนเส้นผมจากคน เศษพลาสติกหรือด้ายจากบรรจุภัณฑ์ หรือเปลือกแข็งในกลุ่มอาหารทะเล โดยเมื่อเข้าสู่กระบวนการผลิตแล้วจะต้องมีการทำความสะอาดนำสิ่งปนเปื้อนเหล่านี้ออกไปเป็นอันดับแรก